Yhdistykset ja säätiöt voivat harjoittaa samaan aikaan sekä liiketoimintaa että yleishyödyllistä toimintaa. Tuloverotuksessa yhdistyksen elinkeinotoiminnan tuottama tulo erotetaan koko toiminnan tuloista. Myös arvonlisäverovelvollisuus ja oikeus vähennyksiin koskee lähtökohtaisesti elinkeinotoiminnasta saatuja tuloja.
Tulovero
Yleishyödyllinen yhteisö maksaa tuloveroa elinkeinotoiminnan tuottamasta tulosta sekä kiinteistön tuottamasta tulosta, jos kiinteistöä on käytetty muuhun kuin yleiseen tai yleishyödylliseen tarkoitukseen.
Yhteisö maksaa tuloveroa ainoastaan veronalaisen toiminnan voitoista, ei siis koko toiminnan voitoista. Voitto lasketaan siten, että veronalaisista tuloista vähennetään vähennyskelpoiset menot. Verohallinto ottaa aikaisempien vuosien vahvistetut tappiot huomioon voiton laskennassa.
Yhdistyksen verokohtelu ratkaistaan tapauskohtaisesti verotuksen toteuttamisen yhteydessä, vaikka maksullista ennakkoratkaisua voi tietyissä tilanteissa hakea.
Arvonlisävero
Liiketoiminnalla tarkoitetaan arvonlisäverolain mukaista liiketoimintaa. Arvonlisäverolain mukaan kaikesta liiketoiminnan muodossa harjoitetusta toiminnasta on suoritettava arvonlisäveroa.
Tuloverolaissa tarkoitettu yleishyödyllinen yhteisö on kuitenkin arvonlisäverolain mukaan verovelvollinen vain tuloverolain mukaisista elinkeinotoiminnan tuloistaan.
Yleishyödyllinen yhteisö on siis arvonlisäverovelvollinen vain elinkeinotoiminnan muodossa harjoitetusta toiminnastaan. Toisin sanoen tavaroiden ja palvelujen myynti on vapautettu arvonlisäverosta, kun toiminta ei ole tuloverotuksessa tarkoitettua elinkeinotoimintaa, vaikka toiminta olisi arvonlisäverolaissa tarkoitettua liiketoimintaa. Yleishyödyllinen yhteisö on siten lähtökohtaisesti arvonlisäverovelvollinen elinkeinotoiminnan muodossa harjoittamistaan myynneistä.
Yleishyödyllisen yhteisön elinkeinotoimintana pidettävä toiminta voi kuitenkin olla vapautettu arvonlisäverosta myös sillä perusteella, että toiminta on arvonlisäverolaissa erikseen verottomaksi säädettyä, kuten arvonlisäverotonta sosiaalihuoltoa tai terveydenhuoltoa.